PIN（Personal identification number）碼為個人身份確認碼。（憑證的第一道密碼）亦即使用憑證 IC 卡時所要求輸入的密碼，如同銀行的提款卡在提領現金時所需輸入的密碼，可在憑證應用時識別這張卡片確為本人所使用。
憑證簽發後，初始PIN碼預設為持卡者本人的民國出生年月日共六碼，例 63 年 8 月 15 日 生日，則預設的初始 PIN 碼為 630815 。因生日容易被得知，建議用戶自行至專屬網站更改 PIN 碼後再開始使用憑證（PIN 碼可設定為6碼至8碼，英數字及特殊符號均可）
另外，為保障憑證使用之安全，當用戶使用本憑證時系統會要求輸入IC卡片的PIN碼，輸入 PIN 碼累計錯誤達三次時會自動鎖卡，可利用用戶代碼來執行鎖卡解碼的動作，讓卡片得以繼續使用。